在药师殿内供奉有无上尊药师琉璃光如来佛，为东方净琉璃世界之教主。据《药师琉璃光如来本愿功德经》记载，他与月光菩萨、日光菩萨并称为“药师圣三尊”。此佛曾发下十二大愿，愿为众生解除疾苦，故依此愿而成佛，住净琉璃世界，其国土庄严如极乐国。